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無效抗體風暴來臨,你也是受災戶嗎?
專題報導
無效抗體風暴來臨,你也是受災戶嗎?
蛋白質體
2017-06-06

無效抗體風暴來臨,你也是受災戶嗎?
都是抗體惹的禍

2006年,對於在耶魯大學服務的病理醫師David Rimm,似乎是很順利的一年,他發展出了一套,可以輔助惡性皮膚黑色素瘤治療的分子檢測,這項檢測是使用抗體 - 一種結構跟英文字Y相似的蛋白質;抗體具有只會與特定生物分子結合的特性,這樣的特性,讓抗體成為可以辨識特定生物分子是否存在的探測工具。David Rimm使用了一群抗體,來”染色”腫瘤的病理切片組織,透過組織染色的樣式,能夠幫助醫師判斷患者是否應該用藥,以預防腫瘤在手術後復發。他因此計畫募得了200萬美金的資金,並準備將這樣的檢測推向臨床使用。但到了2009年,所有事情開始變了調。當David Rimm醫師重新訂購了一批新批號的抗體,他的團隊似乎無法再現當初的結果。這些抗體是從相同的公司所取得,但卻再也無法染出相同的樣式,更誇張的是,即使用相同的腫瘤組織,也會染出不同的結果。最終,David Rimm醫師被迫放棄這項計畫,他在最後一次的研究會議當中說道:"我們從中學了教訓,我們根本就不應該這麼依賴這些抗體

 

基因與蛋白質表現不一致,你該相信誰?

無法具有再現性的抗體,正在影響科學家的研究成果,舉例來說,許多實驗室都有類似的經驗,那就是基因與蛋白質的表現量不一致;照理說,基因表現量高時,他對應生產蛋白質量應該也會增加,但許多實驗室都曾有過這種,表現不一致而且不知道該相信誰的窘境,看看以下訊息,或許你就會得到解答。2008年,來自瑞典的非營利組織Human Protein Atlas (HPA)曾經做過一個大概是目前為止最廣泛的調查,HPA蒐集了市面上標榜可用於人類免疫組織染色的抗體,約2萬多個,但經過測試後,卻發現只有不到五成的抗體,可以做的出實驗結果。另外,還有一個驚人的發現,是由Frost & Sullivan公司所提供的抗體市場調查,在調查結果中指出,市面上流通的近兩百萬種抗體,都是由最核心的二十五萬到五十萬種抗體所組成,換句話說,絕大多數的抗體,都是由幾間實驗室所提供,然後給予不同公司去換包裝後進行銷售,也因此如果你同時跟不同公司購買抗體,可能到手的也都還是同一隻抗體。接著你的問題將會是,如何在茫茫抗體中,挑到合適的真命天子呢?

拯救你的data,找對抗體是第一步

如何避開不良抗體,並找到對的抗體,已經成了不容忽視的問題,近兩三年,有許多跨國機構 (IWGAV) 以及知名期刊如「自然」等,都不約而同地大聲疾呼,希望所有在研究領域的利害關係人 (stakeholder),對於抗體,應該要有自我管理的機制。利害關係人包含哪些人呢?生產抗體的公司或實驗室、期刊審稿人員以及研究者,都是利害關係人。生產抗體的公司或實驗室,在生產抗體時,應載明批號,並提供引發抗體反應的抗原來源,適合應用的實驗數據,以及專一性驗證等資訊;而期刊審稿人員,近期也在收到投稿內容時,會要求研究者應該提出抗體的驗證報告,以確保抗體的專一性以及靈敏度;因此,研究人員在取得抗體前,就應要求抗體公司或實驗室,提供應用相關的實驗數據作為佐證,另外更應該詢問抗體公司或實驗室,在生產抗體的同時,是否有做過專一性驗證,如此才能減輕購買抗體後的驗證工作。IWGAV機構表示,唯有透過三方自我管理,才能夠有效減少因抗體所產生的實驗誤差。

 

正在煩惱基因與蛋白質表現不一致,你該相信誰嗎?嚴格品管的Atlas antibody,讓你的蛋白質表現數據,再也不會忽明忽暗,難以捉摸,讓你安心使用好抗體!

品質驗證是良心也是決心

什麼是專一性驗證?為什麼對於抗體的專一性,要如此要求呢?因為專一性,決定了實驗的方向以及再現性,想想先前提到David Rimm的故事,你就可以明白沒有驗證過的抗體,所帶給我們的教訓。專一性包含了三個特點:第一、抗體只能對應一種抗原;第二、即使更換了批號,改由不同動物生產抗體,也能保持對應相同抗原;第三、抗體對應的抗原結構,並須載記適用於變性or/and原始狀態。而目前有幾種策略,可供生產抗體的公司或實驗室,以及研究者來驗證抗體的專一性,分別是(i)基因驗證法、 (ii) 抗體抗原交叉驗證法、(iii) 雙重抗體驗證法,以及(iv)重組蛋白佐證法等。專家建議,至少要擇一進行驗證,才能證明抗體的專一性。Atlas Antibody公司,了解科學家對於追求高品質抗體的需要,因此除了持續拓展人類蛋白質相對應的抗體數目外,對於抗體的生產流程更是嚴格把關,Atlas Antibody公司利用軟體,挑出每一個蛋白質的Protein Epitope Signature Tag (PrEST) sequence,這樣50到100個左右的胺基酸序列,跟其他人類蛋白質的胺基酸序列重複性極低,具有獨特性,可以做為很好的抗原來源;此外,抗體同步採用驗證策略,測試生產的抗體是否具有良好的專一性。Atlas Antibody公司採用了這樣的技術,生產出一系列AAA等級的多株抗體,以及神準級的單株抗體,更發表了抗體品質驗證宣言,以表達維護高品質的決心。

 


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